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Die aufwendigen Methoden der klassischen Mikrobiologie sind der Grund, dass oft nur die häufigsten Erreger oder diejenigen mit therapeutischen Konsequenzen gesucht werden. Klinisch bedeutsame Erreger wie z.B. EHEC/STEC oder EIEC können aber heute mittels PCR zuverlässiger diagnostiziert werden.
Parasiten werden meist nur mit Auslandaufenthalt assoziiert. Untersuchungen der Giardia lamblia Meldedaten aus Deutschland zeigen jedoch, dass >50 % der Infektionen regional erfolgen.
Die GI Multiplex-PCR hat das Potential auch unerwartete Erreger zu entdecken.